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05. Linux 介绍与工具使用（四：conda以外安装软件的方法）

看不見的法師

发布： 2025-06-25 12:10:01

原创

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了解计算资源和编程技巧对于生物信息学（生信）人员至关重要。本文将介绍如何在linux系统中管理磁盘空间、安装和使用软件，尤其是针对生信领域的工具和方法。

查看磁盘空间

在Linux系统中，查看磁盘空间使用情况可以通过以下命令：

df -hl

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此命令会以人类可读的格式显示磁盘使用情况。

05. Linux 介绍与工具使用（四：conda以外安装软件的方法）

软件类型

Linux软件大致分为两类：

二进制软件：这类软件已经预编译，可以直接解压使用（如zip、gz、bzip2等压缩格式），非常适合新手。
源码软件：这类软件提供源代码，需要通过编译器编译后才能使用。一般包括三个步骤：配置、编译、安装。

源码软件安装步骤

配置：通常使用以下命令：
```
./configure --prefix=安装路径
```
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安装路径指定软件编译后的可执行文件存放目录，默认路径需要root权限。
编译：使用make命令，但有时会遇到库文件缺失的问题，如bwa的zlib。
安装：使用make install命令，将软件安装到指定目录。

软件安装方法

1. 二进制文件安装

除了使用conda外，还可以直接安装二进制文件。

创建并进入文件夹：
```
mkdir bowtie2 && cd bowtie2
```
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版本选择：安装时需选择合适的软件版本。
下载：使用wget命令下载软件：
```
mkdir xxx && cd xxx
wget 下载地址
```
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通过FTP上传文件：如果wget下载速度慢，可以先下载到本地，再通过FTP上传到服务器：
```
sftp root@your_sever_id
put local-file [remote-file]
```
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更多FTP使用方法可参考：FTP使用指南。
通过FileZilla连接远程服务器：FileZilla是一个跨平台的FTP客户端，支持SFTP连接。下载地址：FileZilla官网。
解压与使用：解压下载的文件，例如bowtie2：
```
unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip
```
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添加到PATH：为方便使用，可以将软件路径添加到环境变量中：
```
PATH=$PATH:/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/
```
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查看示例文件：通常软件会提供示例文件以供练习。

使用bowtie2：构建索引并进行序列比对：

bowtie2-build reference/lambda_virus.fa temp
bowtie2 -x temp -1 reads/reads_1.fq -2 reads/reads_2.fq -S temp.sam

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2. 源代码安装

下载并解压：下载源代码并解压。
编译三部曲：构建、编译、安装。
后续操作：与二进制文件类似，将文件路径添加到PATH后即可使用。

3. Java编译软件

下载并解压：下载Java软件并解压。
使用：解压后即可使用。

其他安装方法

apt-get

安装软件：使用apt-get命令，例如安装w3m：
```
sudo apt-get install w3m
```
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APT包介绍：APT是Debian及其派生发行版的软件包管理器，简化了Unix系统上的软件管理过程。

常用工具：

工具	说明
install	安装软件包
update	更新本地软件源
upgrade	升级本地软件包
dist-upgrade	解决依赖关系并升级
remove	移除软件包（不含配置文件）
autoremove	移除不再使用的软件包
purge	完全移除软件包（含配置文件）
clean	移除已安装软件包的本地缓存
autoclean	移除已安装软件包的旧版本

常用参数：

参数	说明
-y	自动回应是否安装
-s	模拟安装
-q	静默安装
-f	修复损坏的依赖关系
-d	只下载不安装
--reinstall	重新安装
--install-suggests	同时安装建议的软件包

安装与升级与卸载：

sudo apt-get --reinstall install w3m
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get dist-upgrade
sudo apt-get remove w3m
sudo apt-get purge w3m
sudo apt-get autoremove
sudo apt-cache search softname1 softname2 softname3……

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dpkg

dpkg介绍：dpkg是Debian Package的简写，用于安装本地deb软件包，是APT的前端工具。

安装相关内容：使用-d选项下载但不安装软件包：

sudo apt-get update
sudo apt-get -d install -y emacs
sudo dpkg -i emacs24_24.5+1-6ubuntu1.1_amd64.deb
sudo apt-get -f install -y

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05. Linux 介绍与工具使用（四：conda以外安装软件的方法）

查询安装位置：
```
sudo dpkg -L emacs24
```
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总结

随着conda和mamba等工具的出现，软件安装变得更加便捷。但了解上述方法对于生信人员仍然非常重要，因为它们提供了更灵活的软件管理方式。

以上就是05. Linux 介绍与工具使用（四：conda以外安装软件的方法）的详细内容，更多请关注php中文网其它相关文章！