05. Linux 介绍与工具使用（四：conda以外安装软件的方法）

了解计算资源和编程技巧对于生物信息学（生信）人员至关重要。本文将介绍如何在linux系统中管理磁盘空间、安装和使用软件，尤其是针对生信领域的工具和方法。

查看磁盘空间

在Linux系统中，查看磁盘空间使用情况可以通过以下命令：

df -hl

此命令会以人类可读的格式显示磁盘使用情况。

软件类型

Linux软件大致分为两类：

1. 二进制软件：这类软件已经预编译，可以直接解压使用（如zip、gz、bzip2等压缩格式），非常适合新手。

2. 源码软件：这类软件提供源代码，需要通过编译器编译后才能使用。一般包括三个步骤：配置、编译、安装。

源码软件安装步骤

1. 配置：通常使用以下命令：

   ./configure --prefix=安装路径

   安装路径指定软件编译后的可执行文件存放目录，默认路径需要root权限。

2. 编译：使用make命令，但有时会遇到库文件缺失的问题，如bwa的zlib。

3. 安装：使用make install命令，将软件安装到指定目录。

软件安装方法

1. 二进制文件安装

除了使用conda外，还可以直接安装二进制文件。

• 创建并进入文件夹：

  mkdir bowtie2 && cd bowtie2

• 版本选择：安装时需选择合适的软件版本。

• 下载：使用wget命令下载软件：

  mkdir xxx && cd xxx
  wget 下载地址

• 通过FTP上传文件：如果wget下载速度慢，可以先下载到本地，再通过FTP上传到服务器：

  sftp root@your_sever_id
  put local-file [remote-file]

  更多FTP使用方法可参考：FTP使用指南。

• 通过FileZilla连接远程服务器：FileZilla是一个跨平台的FTP客户端，支持SFTP连接。下载地址：FileZilla官网。

  

• 解压与使用：解压下载的文件，例如bowtie2：

  unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip

  

• 添加到PATH：为方便使用，可以将软件路径添加到环境变量中：

  PATH=$PATH:/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/

• 查看示例文件：通常软件会提供示例文件以供练习。

  

• 使用bowtie2：构建索引并进行序列比对：

  

  Stenography

  一个AI驱动的代码库API

  下载

  bowtie2-build reference/lambda_virus.fa temp
  bowtie2 -x temp -1 reads/reads_1.fq -2 reads/reads_2.fq -S temp.sam

  

2. 源代码安装

• 下载并解压：下载源代码并解压。

  

• 编译三部曲：构建、编译、安装。

  

• 后续操作：与二进制文件类似，将文件路径添加到PATH后即可使用。

3. Java编译软件

• 下载并解压：下载Java软件并解压。

  

• 使用：解压后即可使用。

  

其他安装方法

apt-get

• 安装软件：使用apt-get命令，例如安装w3m：

  sudo apt-get install w3m

  

• APT包介绍：APT是Debian及其派生发行版的软件包管理器，简化了Unix系统上的软件管理过程。

• 常用工具：

  工具	说明
  install	安装软件包
  update	更新本地软件源
  upgrade	升级本地软件包
  dist-upgrade	解决依赖关系并升级
  remove	移除软件包（不含配置文件）
  autoremove	移除不再使用的软件包
  purge	完全移除软件包（含配置文件）
  clean	移除已安装软件包的本地缓存
  autoclean	移除已安装软件包的旧版本

• 常用参数：

  参数	说明
  -y	自动回应是否安装
  -s	模拟安装
  -q	静默安装
  -f	修复损坏的依赖关系
  -d	只下载不安装
  --reinstall	重新安装
  --install-suggests	同时安装建议的软件包

• 安装与升级与卸载：

  sudo apt-get --reinstall install w3m
  sudo apt-get update
  sudo apt-get upgrade
  sudo apt-get dist-upgrade
  sudo apt-get remove w3m
  sudo apt-get purge w3m
  sudo apt-get autoremove
  sudo apt-cache search softname1 softname2 softname3……

dpkg

• dpkg介绍：dpkg是Debian Package的简写，用于安装本地deb软件包，是APT的前端工具。

  

• 安装相关内容：使用-d选项下载但不安装软件包：

  sudo apt-get update
  sudo apt-get -d install -y emacs
  sudo dpkg -i emacs24_24.5+1-6ubuntu1.1_amd64.deb
  sudo apt-get -f install -y

  

• 查询安装位置：

  sudo dpkg -L emacs24

总结

随着conda和mamba等工具的出现，软件安装变得更加便捷。但了解上述方法对于生信人员仍然非常重要，因为它们提供了更灵活的软件管理方式。