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学会编写脚本详解

爱谁谁
发布: 2025-06-27 11:54:19
原创
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在我们的生信分析过程中,除了掌握软件的使用方法外,编写脚本是至关重要的。脚本可以视为您与计算机交流的工具,帮助您自动化执行一系列操作。

本文将带您深入了解脚本的语法、编写技巧以及常用的快捷键,为您打下编写代码的基础。

一、脚本的定义

脚本(Scripts)原本指的是戏剧或电影的底本或书稿,简称sh。在生物信息学领域,脚本指的是将一系列命令保存到文件中,便于记录命令的执行状态,共享和自动化运行多条命令。脚本的执行方式分为交互式(Interactive)和批处理(batch)两种。

脚本的五个关键要素包括:

  1. 软件:列在脚本的首位。
  2. 输入内容:可以是文件或者命令行输入。
  3. 输出内容:可以是屏幕输出或者保存到文件。
  4. 选项参数:使用单连字符的短选项-,或双连字符的长选项--。
  5. 日志:记录软件运行和错误信息,方便调试,通过重定向保存。

二、使用vim编辑脚本

2.1 打开文件

vim是Linux系统自带的文本编辑器,相当于Windows系统下的Word软件。

vim scripts.sh
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在vim中,按“i”进入插入模式,从光标位置开始输入内容;按“a”进入插入模式,从光标位置的下一个字符开始输入;按“o”进入插入模式,在光标所在行下方插入新行并开始输入。

2.2 退出vim

要退出vim,先按ESC键进入命令模式,然后按“shift+:”输入命令:

:q! 不保存退出
:wq 保存并退出
:x 保存并退出
:w+文件名 另存为新文件
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2.3 移动光标

vim中,可以使用箭头键移动光标,也可以使用字母键:

h 左移一格
j 下移一格
k 上移一格
l 右移一格
<p>ctrl+b 向后翻一页
ctrl+f 向前翻一页
ctrl+u 向后翻半页
ctrl+d 向前翻半页
0 移到行首
G 移到文件末尾
shift+4 移到行尾
shift+6 移到行首
w 跳到下一个单词开头
e 跳到下一个单词结尾
b 回到上一个单词开头</p><h1>l 移到当前行的第#个位置,如5l
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2.4 删除文本

x 删除光标后一个字符</h1><h1>x 如6x,删除光标后6个字符</h1><p>X 删除光标前一个字符</p><h1>X 如20X,删除光标前20个字符</h1><p>dd 删除光标所在行</p><h1>dd 如2dd,删除光标所在行及下一行</h1><p>1d+上箭头 删除光标所在行及上一行
1d+下箭头 删除光标所在行及下一行
1dd 删除光标所在行
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2.5 复制文本

yw 复制光标所在位置至单词结尾</p><h1>yw 如6yw,复制6个单词</h1><p>yy 复制光标所在行</p><h1>yy 如6yy,复制光标所在行及下5行</h1><p>p 粘贴缓冲区内容
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注意,所有与"y"相关的复制命令都需要与"p"配合使用。

2.6 替换文本

r 替换光标所在字符
R 替换光标所在及后续字符,直到按ESC
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2.7 撤销与重做

u 撤销上次操作
ctrl+R 重做上次撤销的操作
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2.8 修改文本

cw 修改光标所在单词</p><h1>cw 如c3w,修改3个单词
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2.9 跳转到指定行

ctrl+g 显示当前行号</h1><h1>G 如15G,跳转到第15行
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三、执行脚本

脚本包含多条命令,可以在CentOS系统上使用sh命令执行,或在Ubuntu系统上使用bash命令执行,系统会按顺序执行脚本中的命令。脚本中还可以添加条件控制和循环操作,属于Linux Shell编程的范畴。

sh prodigal.sh</h1><p>bash prodigal.sh
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四、vim配置

vim的配置文件可以通过在home目录下创建一个.vimrc文件来实现。

$ vim ~/.vimrc</p><h1>以下内容可选择性设置</h1><p>filetype on # 支持不同文件扩展名不同语法高亮
syntax on # 语法高亮
set autoindent # 自动缩进
set nu # 设置行号
set tabstop=4 # Tab缩进数目
set softtabstop=4
set expandtab
set shiftwidth=4
set ruler # 设置标尺
set backspace=indent,eol,start
set backspace=2
set expandtab # 设置自动缩进
set cindent shiftwidth=4 # 缩进的字符个数
set foldcolumn=4 # 设置折叠模式
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五、使用vscode查看文本

在生物信息分析中,经常需要查看序列、编辑文本、修改代码等,系统自带的文本编辑器(如Windows的记事本)通常过于简单,无法满足需求。推荐使用微软推出的vscode编辑器,它支持Windows、Mac和Linux平台,体验一致。

下载地址:

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安装时,请勾选最后一步中的两项,以便默认打开文件。

学会编写脚本详解

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