Linux系统入门系列之二

3 命令管理

3.1 命令连接符

当需要一次性执行多个命令时，可以同时输入，这些命令之间可以用分号“；”隔开，如下所示：

在上面的例子中，多个命令是独立执行的，按照输入顺序依次运行。对于需要相互依赖的命令，可以使用逻辑连接符“&&”和“||”进行连接，具体如下：

cmd1&& cmd2：如果cmd1执行成功，则执行cmd2，否则不执行；

cmd1|| cmd2：如果cmd1执行成功，则不执行cmd2，否则执行。

具体示例如下：

3.2 管道命令

管道命令（pipe）由多个命令组成，用于处理数据流，但与命令的连续执行或条件执行不同，后续命令只能处理前一个命令传来的正确输出，命令之间使用“|”分隔。

例如，我们可以列出etc目录下的所有文件，并将结果分页显示，示例如下：

另外，可以查询服务器用户登录信息，并筛选出“tengwk”用户的信息，提取用户名和登录时间：

命令：xargs

该命令可以让不支持管道命令的指令使用标准输入内容，示例如下：

命令ls -l只能作用于文件和路径，不能处理标准输入的内容，因此不支持管道命令，会列出所有文件。然而，xargs可以将标准输入的内容转换为命令的操作对象。该命令还可以生成命令的参数，例如-p选项可以提示用户是否执行命令，用户可以输入y（是）或n（否）来决定：

xargs的具体参数如下：

-n后跟数字，表示命令执行时一次使用的参数个数，默认是使用所有参数；

-P修改最大进程数（即一次提交的最大任务数），默认是1；

-i或-I，将xargs的每一行参数赋值给{}，例如：ls *.out | xargs -i mv {} {}.txt。

3.3 软件脚本

在Linux中，可以使用命令充分调用各种软件（脚本）来完成分析任务，也可以将Linux命令整合为shell脚本，方便管理和修改。

命令：perl

在Linux中调用perl脚本并输出结果，示例如下：

perl perl02.pl

命令：Rscript

在Linux中调用R脚本并输出结果，示例如下：

Rscript r01.R

命令：sh

执行多命令整合成的shell脚本，示例如下：

小门道AI

小门道AI是一个提供AI服务的网站

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对于已安装的软件，调用时需要使用完整的绝对路径，例如Mothur，需要输入/sdd/userLogin/zhengjw/softwares/mothur/mothur并按回车输入命令，或者直接输入命令，示例如下：

对于经常使用的软件，我们可以将其路径添加到环境变量PATH中，以便直接调用，首先需要修改用户主目录下的配置文件，示例如下：

最后执行source命令激活环境变量：

source ~/.bashrc

这样就可以直接调用mothur：

3.4 任务管理

命令：nohup……&

表示命令在后台无间断运行，示例如下：

命令：jobs

查看当前用户在当前窗口中正在运行的脚本程序，示例如下：

命令：ps

列出当前用户正在运行的程序，示例如下：

列出正在运行的程序及其完整路径：

参数选项的含义如下：

u：显示与当前用户相关的进程；

x：通常与a参数一起使用，可以列出更完整的信息（包括程序执行路径）；

f：按照程序运行时间排序。

注意这些命令参数选项前不需要加“-”。

命令：kill

结束当前正在运行的某个程序，示例如下：

kill PID

kill %程序编号

其中%后面跟的是jobs查看的程序编号，示例如下：

命令：top

动态显示当前系统正在执行的进程的相关信息，包括进程ID、内存占用率、CPU占用率等，示例如下：

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