第一篇：gcta学习1 | 抛砖引玉--初步介绍
本文将介绍如何安装GCTA软件。
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获取安装包
GCTA的官方下载地址为：https://www.php.cn/link/f8e022748d5214eb5ce98d3f69a0036c
该软件是开源的，其源代码可以在GitHub上找到：https://www.php.cn/link/15b31d721471a77f63036c45b8b63830
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Linux系统安装与测试
2.1 下载
在终端中运行以下命令进行下载：
wget https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/bin/gcta_1.94.0beta.zip
下载完成后，您将看到以下文件：
文件名：
gcta_1.94.0beta.zip
2.2 解压
运行以下命令进行解压：
unzip gcta_1.94.0beta.zip
解压后，您将看到以下文件结构：
gcta_1.94.0beta ├── gcta64 ├── MIT_License.txt ├── README.txt ├── test.bed ├── test.bim ├── test.fam └── test.phen
2.3 测试
进入
gcta_1.94.0beta文件夹，运行以下命令进行测试：利用plink的二进制文件，构建G矩阵（使用Yang的方法），生成二进制亲缘关系矩阵。
./gcta64 --bfile test --make-grm --out gmat
运行日志如下：
Options: --bfile test --make-grm --out gmat Note: GRM is computed using the SNPs on the autosomes. Reading PLINK FAM file from [test.fam]... 3925 individuals to be included from FAM file. 3925 individuals to be included. 1643 males, 2282 females, 0 unknown. Reading PLINK BIM file from [test.bim]... 1000 SNPs to be included from BIM file(s). Computing the genetic relationship matrix (GRM) v2 ... Subset 1/1, no. subject 1-3925 3925 samples, 1000 markers, 7704775 GRM elements IDs for the GRM file have been saved in the file [gmat.grm.id] Computing GRM... 100% finished in 0.3 sec 1000 SNPs have been processed. Used 1000 valid SNPs. The GRM computation is completed. Saving GRM... GRM has been saved in the file [gmat.grm.bin] Number of SNPs in each pair of individuals has been saved in the file [gmat.grm.N.bin]
生成的结果文件包括：
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gmat.grm.bin gmat.grm.id gmat.grm.N.bin gmat.log
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Windows系统安装与测试
3.1 下载
3.2 解压
3.3 测试
在bin文件夹中打开git终端：
运行以下命令进行测试：
./gcta64.exe --bfile ../test --make-grm --out ../gmat
生成的结果文件如下：
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安装成功确认
可以看到，Windows和Linux系统的运行命令是相同的。GCTA也支持Mac系统，与plink类似。
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使用提示
为了更方便地使用GCTA，可以将gcta64可执行文件复制到bin文件夹下，这样就可以直接输入gcta64进行分析。
在Windows系统下：
cp gcta64.exe ~/bin/
在Linux系统下：
cp gcta64 ~/bin/
