生信人的R语言视频教程-语法篇-第二章：与R语言的第一次约会(R语言安装和下载)

继续上一个视频教程：

生信人的R语言视频教程-语法篇-第一章：与R的初次接触

从官网下载R的安装包，访问地址为：https://www.php.cn/link/ac6eed7114066ff5d9b10473b7ef6341。

这里我们以Windows系统为例

点击"Download R for Windows"后进入新页面，选择"base"，

然后点击"Download R 3.6.0 for Windows"。

点击后开始下载安装包（一个exe文件）。

1

安装R

下载完R安装包后（我下载的安装包名为：“R-3.6-win.exe”），双击开始安装，类似于安装其他软件，根据需要进行相关安装设置，并不断点击“下一步”即可。

step1、选择安装位置，可以点击“浏览”更改安装路径。通常使用默认路径，如果C盘空间不足，可以选择其他盘。

step2、安装组件

注意：根据您的电脑操作系统位数选择，但64位系统可以全选，因为64位系统向下兼容32位系统。

点击“下一步”开始安装，安装完成后会在桌面生成一个快捷方式。双击快捷方式即可打开R语言的交互界面。

配置环境变量我的电脑》》右键》》属性》》高级系统设置

在高级模块下选择环境变量

在系统变量中找到Path变量，点击“编辑”

点击“新建”，将刚刚安装的R地址粘贴到框中，我这里的安装地址是：D:\Program Files\R\R-3.6.0\bin，点击“确定”。

在dos命令行窗口输入R，回车即可进入R环境。

R包介绍R语言的使用，在很大程度上依赖于各种R包的辅助，可以说，R包就像是R的插件，不同的插件满足不同的需求，截至2013年3月6日，CRAN已经收录了4338个各类包。例如用于经济计量、财经分析、人文科学研究以及人工智能。生物信息学相关的包不在CRAN中，而是在Bioconductor中，我们会在后续介绍，这里先了解一下。

接下来我们介绍在交互模式下，R包的一些应用。

包的安装1

通过选择菜单：

程序包->安装程序包->在弹出的对话框中，选择您要安装的包，然后确定。

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使用命令

install.packages("package_name","dir")

package_name:是指定要安装的包名，请注意大小写。

dir:包安装的路径。默认情况下是安装在..\library 文件夹中的。可以通过本参数来进行修改，来选择安装的文件夹。

云雀语言模型

云雀是一款由字节跳动研发的语言模型，通过便捷的自然语言交互，能够高效的完成互动对话

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查看详情

Bioconductor包的安装需要查看官方的安装函数，通过网站(https://www.php.cn/link/f343eeaff25ce857c412a552c4f160d6：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install("limma")

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本地安装

如果您已经下载了相应的包的压缩文件，则可以在本地进行安装。请注意在Windows、Unix、MacOS操作系统下安装文件的后缀名是不一样的：

1）Linux环境编译运行：tar.gz文件

2）Windows 环境编译运行：.zip文件

3）MacOS环境编译运行：.tgz文件

加载包包安装后，如果要使用包的功能，必须先将包加载到内存中（默认情况下，R启动后默认加载基本包），加载包的命令：Library(“包名”)

Require(“包名”)

查看包的相关信息1

查看包帮助

library(help="package_name")

主要内容包括：例如：包名、作者、版本、更新时间、功能描述、开源协议、存储位置、主要的函数

help(package = "package_name")

主要内容包括：包的内置所有函数，是更为详细的帮助文档

2

查看当前环境哪些包已加载

find.package() 或者 .path.package()

3

从内存中移除包

detach()

4

将其他包的数据加载到内存中

data(dsname, package="package_name")

5

查看这个包里的数据

data( package="package_name")

6

列出所有已安装的包

library()

下面是视频教程链接：

https://www.php.cn/link/35614900676f6c9858e0d34bfda57f56

https://www.php.cn/link/2d3dbdaf63992d81da1f36b3ee240c0d

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