Pandas高效分组抽样:动态样本量与替换策略

DDD
发布: 2025-10-16 11:09:01
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Pandas高效分组抽样:动态样本量与替换策略

本文深入探讨了在pandas中对大型数据集进行分组抽样的优化策略,特别是当每个组需要不同的样本数量,并根据组内元素总数动态调整是否允许重复抽样(`replace`参数)时。通过介绍一种结合字典映射和`groupby().apply()`方法的解决方案,我们展示了如何避免低效的循环操作,从而显著提升处理效率,实现灵活且高性能的数据抽样。

在数据分析和机器学习任务中,我们经常需要从大型数据集中进行抽样。当数据需要根据某个或多个列进行分组,并且每个组的抽样需求(例如,抽样数量 n 和是否允许重复 replace)都不同时,传统的 df.groupby().sample() 方法可能无法满足所有要求。尤其对于包含数千万甚至上亿条记录的数据集,以及数十万个唯一分组的情况,低效的抽样方法会导致严重的性能瓶颈

问题背景与传统方法的局限性

假设我们有一个大型DataFrame df,其中包含一个分组列 "a",以及一个记录每个组所需抽样数量的DataFrame df_counts。我们的目标是根据 df_counts 中为每个 "a" 组指定的 count 值进行抽样。

1. 基础的 groupby().sample(): Pandas提供了 df.groupby("a").sample(n=k),这可以对每个组抽取固定数量 k 的样本。但这种方法无法为每个组指定不同的 n 值。

# 示例:每个组抽取1个样本
# df.groupby("a").sample(n=1, random_state=1)
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这无法满足不同组不同 n 的需求。

2. 循环迭代的低效性: 一种直观但效率低下的方法是遍历每个唯一的组,筛选出该组的数据,然后进行抽样,最后将所有结果拼接起来。此外,为了更灵活地控制抽样行为,我们可能还需要根据组内元素的总数与所需样本量 n 的关系,动态地决定 replace 参数(即当组内元素不足 n 时允许重复抽样,否则不允许)。

# 伪代码:循环迭代的低效方法
# sampled_dfs = []
# for group_val in df['a'].unique():
#     filter_df = df.loc[df['a'] == group_val]
#     n_samples = get_n_from_df_counts(group_val) # 从df_counts获取该组的n值
#     
#     if len(filter_df) >= n_samples:
#         sampled_group = filter_df.sample(n=n_samples, random_state=6, replace=False)
#     else:
#         sampled_group = filter_df.sample(n=n_samples, random_state=6, replace=True)
#     sampled_dfs.append(sampled_group)
#
# final_sampled_df = pd.concat(sampled_dfs)
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对于拥有100k个唯一值的分组列和90M行的数据集,这种基于Python循环的逐组筛选和抽样会带来巨大的性能开销,因为每次迭代都会产生新的DataFrame对象和额外的内存操作。

优化方案:结合 groupby().apply() 和字典映射

为了解决上述问题,我们可以利用Pandas的 groupby().apply() 方法,结合一个预先构建的字典来高效地传递每个组的抽样参数。apply() 方法虽然在某些情况下不如完全向量化的操作快,但它将对每个组的操作封装在一个函数中,并由Pandas在内部进行管理,通常比显式的Python循环效率更高。

核心思路是:

  1. 构建样本量字典: 将包含每个组所需样本量的数据转换成一个字典,其中键是分组列的值,值是对应的样本量。
  2. 定义自定义抽样函数: 创建一个函数,该函数接收一个组的DataFrame,并根据字典查找该组的样本量 n。同时,根据组的实际大小与 n 的关系,动态设置 sample() 方法的 replace 参数。
  3. 应用自定义函数: 使用 df.groupby().apply() 将自定义抽样函数应用到每个组。

步骤一:准备样本计数数据

首先,我们需要一个DataFrame来定义每个分组的样本数量。

import pandas as pd
import numpy as np

# 示例输入数据
# df_counts 定义了每个 'a' 组需要抽样的数量
df_counts = pd.DataFrame({
    'a': [1, 2, 3],
    'count': [1, 3, 2]
})

# 原始数据 df_original,我们将从中抽样
df_original = pd.DataFrame({
    'a': [1, 1, 1, 2, 2, 3, 3],
    'x': ['a', 'b', 'c', 'd', 'e', 'f', 'g']
})

print("df_counts:")
print(df_counts)
print("\ndf_original:")
print(df_original)
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输出:

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df_counts:
   a  count
0  1      1
1  2      3
2  3      2

df_original:
   a  x
0  1  a
1  1  b
2  1  c
3  2  d
4  2  e
5  3  f
6  3  g
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接下来,将 df_counts 转换为一个字典,以便在抽样函数中快速查找。

# 构建样本量字典
sample_counts_dict = df_counts.set_index("a")["count"].to_dict()
print("\nsample_counts_dict:")
print(sample_counts_dict)
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输出:

sample_counts_dict:
{1: 1, 2: 3, 3: 2}
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步骤二:定义自定义抽样函数

这个函数将是 groupby().apply() 的核心。它接收一个组的DataFrame,一个包含所有组样本量的字典,以及一个随机种子。

def get_sample(group_df, sample_dict, random_state=None):
    """
    对给定的组DataFrame进行抽样。

    参数:
    group_df (pd.DataFrame): 当前分组的DataFrame。
    sample_dict (dict): 包含每个组所需样本量的字典。
    random_state (int, optional): 随机种子,用于结果可复现性。

    返回:
    pd.DataFrame: 抽样后的DataFrame,如果该组没有对应的样本量则返回None。
    """
    # 获取当前组的键(例如 'a' 列的值)
    group_key = group_df["a"].iat[0]

    # 从字典中获取该组的样本量n
    n_samples = sample_dict.get(group_key)

    # 如果字典中没有该组的样本量,则返回None(表示不抽样或跳过)
    if n_samples is None:
        return None

    # 动态设置 replace 参数
    # 如果组内元素数量小于所需样本量n,则必须允许重复抽样 (replace=True)
    # 否则,如果组内元素数量足够,则默认不允许重复抽样 (replace=False)
    # 这样可以最大化地获取唯一行
    replace_flag = len(group_df) <= n_samples

    return group_df.sample(n=n_samples, random_state=random_state, replace=replace_flag)
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步骤三:应用自定义函数进行抽样

最后,我们将 get_sample 函数应用到 df_original 的每个组。

# 应用自定义函数进行分组抽样
# group_keys=False 可以避免将分组键作为额外的索引添加到结果中,保持输出整洁
sampled_output_df = df_original.groupby("a", group_keys=False).apply(
    get_sample, 
    sample_dict=sample_counts_dict, 
    random_state=6
)

print("\nDesired sampled output:")
print(sampled_output_df)
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输出:

Desired sampled output:
   a  x
0  1  a
3  2  d
4  2  e
4  2  e
5  3  f
6  3  g
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可以看到,对于 a=1,原始数据有3条,需要抽样1条,结果是 a。 对于 a=2,原始数据有2条('d', 'e'),需要抽样3条。由于 len(group_df) <= n_samples (2 <= 3) 为 True,replace 被设置为 True,因此 e 被重复抽样。 对于 a=3,原始数据有2条('f', 'g'),需要抽样2条。由于 len(group_df) <= n_samples (2 <= 2) 为 True,replace 被设置为 True,但因为 n_samples 等于组大小,实际效果是抽样了所有唯一元素。

性能考量与注意事项

  • groupby().apply() 的优势: 相较于显式的Python循环,apply() 在内部进行了优化,尤其是在处理大量组时,可以减少Python解释器和Pandas对象之间的切换开销。它允许我们将自定义逻辑高效地应用于每个组。
  • group_keys=False: 在 groupby().apply() 中设置 group_keys=False 可以防止分组键作为额外的索引添加到结果DataFrame中,这在结果拼接时可以避免不必要的索引重置操作,并保持输出结构的简洁。
  • replace 参数的动态控制: 这种方法允许我们根据每个组的实际情况,灵活地设置 replace 参数,确保在组内元素不足以满足抽样数量时,能够通过重复抽样来达到目标数量,而在元素充足时,则优先进行无重复抽样。
  • 随机种子 random_state: 使用 random_state 参数可以确保抽样结果的可复现性,这在调试和结果验证时非常重要。
  • 大数据集的挑战: 尽管 apply() 比循环更优,但对于拥有极其庞大数量的组(例如数百万个组),且每个组的数据量都非常小的情况,apply() 仍然可能面临性能挑战。在这种极端情况下,可能需要考虑使用更底层的库(如Numba)或分布式计算框架(如Spark)来进一步优化。然而,对于大多数常见的大数据集场景,groupby().apply() 配合自定义函数是一个非常高效且灵活的解决方案。

总结

本文介绍了一种在Pandas中对大型数据集进行高效分组抽样的专业方法。通过将每个组的样本数量预先存储在一个字典中,并结合 groupby().apply() 方法和一个动态控制 replace 参数的自定义函数,我们能够克服传统方法的局限性,实现灵活且高性能的抽样。这种模式在处理复杂分组抽样需求时,是提升代码效率和可维护性的关键策略。

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