FIMO HTML报告不显示参考线，因其仅静态渲染命中位点表格和轨迹图，不解析或嵌入用户设定的p/q值阈值，也不动态计算背景分布；需借助外部脚本重绘并手动添加阈值线。
FIMO 输出的 HTML 报告默认不包含参考线（reference line）数据，也不会绘制任何统计显著性参考线（比如 p 值或 q 值阈值线）。
为什么 FIMO HTML 不显示参考线
FIMO 的 HTML 输出本质是 fimo.html 文件，由 fimo 命令调用内置模板生成，仅展示命中位点（motif hits）的表格和可视化轨迹（track view），所有绘图逻辑基于 MEME Suite 的静态渲染规则。它不解析或嵌入用户自定义的统计阈值，也不动态计算背景分布来画参考线。
- 参考线需人工判断：比如你设了
--thresh 0.001，HTML 中不会标出对应 score 的横线 - 轨迹图（如 logo track）只显示 motif score 分布，Y 轴为 raw score 或 log-odds，无标注阈值位置
- 即使使用
--qv-thresh，HTML 也不渲染 q-value 对应的 cutoff 线
如何在 FIMO HTML 中“看到”参考线效果
没有直接方式，但可通过以下操作间接实现参考线意图：
- 用
--output-png+ 自定义 R/Python 脚本重绘轨迹图，并手动添加abline(h = your_score_cutoff) - 导出 TSV 结果（
fimo.tsv），用awk '$5 筛出显著 hits，再用bedtools可视化到 UCSC 或 IGV，这些平台支持叠加阈值 track - 修改 FIMO 模板（
memesuite/templates/fimo.html）并重编译 MEME Suite——极不推荐，维护成本高且易出错
FIMO 命令行参数与参考线的关联误区
很多人误以为某些参数会触发 HTML 中的参考线绘制，实际并非如此：
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--thresh：只控制输出结果过滤，不影响 HTML 图形渲染 -
--bgfile：影响 p-value 计算，但 HTML 不展示背景模型或其推导出的 cutoff -
--max-stored-scores：仅限制内部排序内存，和图形无关 -
--oc输出目录里的fimo.gff和fimo.tsv才含完整分值，HTML 是摘要视图
真正需要参考线，就得跳出 FIMO HTML，转向下游可视化工具；指望它自动标出显著性边界，等于让一个静态报表承担动态统计解释职责——它没这个设计。
