联系：管理信息系统是企业内部的信息系统，电子商务是企业外部的信息系统，内部与外部信息系统的结合才构成现代企业完整的信息系统。区别：在服务的范围及对象方面，传统信息系统主要服务于企业内部特定的客户，而电子商务系统还服务于企业的客户和合作伙伴。
电子商务是企业信息化建设的目的，是企业管理信息系统的延伸和发展，而企业信息化是电子商务的基础和前提。也就是说，管理信息系统是企业内部的信息系统，电子商务是企业外部的信息系统，内部与外部信息系统的结合才构成现代企业完整的信息系统。我们应该依托信息管理与信息系统专业加速发展电子商务专业，利用电子商务专业促进信息管理与信息系统专业的发展。电子商务与管理信息系统相辅相成，既有区别，也有联系。
（1）联系：
在电子商务的大环境下，信息呈现数字化、网络化、集成化、智能化、柔性化、行业化和本地化的特点，供应链管理成为必然。为了保证信息在供应链各个环节之间通畅的流通，实现真正的信息共享，要求电子商务企业建立完善的管理信息系统。如果仅仅孤立地进行以上信息系统的构建，企业进行电子商务的道路不会走远，就会因为导致信息脱节，管理漏洞，决策失误而以失败告终。电子商务要顺利长久的开展下去，必须对各个信息系统进行有效整合。
（2）区别：
1）在功能上不仅支持企业内部的生产管理（如ERP、SCM、CRM），而且支持企业通过Internet/Intranet进行的商务活动（如信息发布、网络订单管理、网络支付管理等）。
2）在服务的范围及对象方面，传统信息系统主要服务于企业内部特定的客户，而电子商务系统还服务于企业的客户和合作伙伴。
3）在技术方面，电子商务系统基本上是B/S结构。另外还使用多层结构、站点动态负荷均衡技术、安全与认证技术等。
4）电子商务系统需要与企业内部信息系统结合，其数据库往往与企业的其他信息系统共享。
