Golang中使用缓存加速DNA序列数据分析的实践技巧。

package main

import (
    "fmt"
    "time"
)

// 定义 DNA 序列
var DNA string = "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC"

// 计算 DNA 序列中不同碱基的数量（使用缓存）
func countDNA1(DNA string) {

    // 将 DNA 序列转化为 Rune 数组
    DNA_Rune := []rune(DNA)

    // 定义缓存
    var countMap map[rune]int
    countMap = make(map[rune]int)

    // 遍历 DNA 序列，统计不同碱基的数量
    for _, r := range DNA_Rune {
        countMap[r]++
    }

    // 输出不同碱基的数量
    fmt.Println(countMap)
}

// 计算 DNA 序列中不同碱基的数量（不使用缓存）
func countDNA2(DNA string) {

    // 将 DNA 序列转化为 Rune 数组
    DNA_Rune := []rune(DNA)

    // 定义数组，存储不同碱基的数量
    countArr := [4]int{0, 0, 0, 0}

    // 遍历 DNA 序列，统计不同碱基的数量
    for _, r := range DNA_Rune {
        switch r {
        case 'A':
            countArr[0]++
        case 'C':
            countArr[1]++
        case 'G':
            countArr[2]++
        case 'T':
            countArr[3]++
        }
    }

    // 输出不同碱基的数量
    fmt.Println(countArr)
}

func main() {

    // 使用缓存计算 DNA 序列中不同碱基的数量
    startTime1 := time.Now().UnixNano()
    countDNA1(DNA)
    endTime1 := time.Now().UnixNano()

    // 不使用缓存计算 DNA 序列中不同碱基的数量
    startTime2 := time.Now().UnixNano()
    countDNA2(DNA)
    endTime2 := time.Now().UnixNano()

    // 输出计算时间
    fmt.Println("使用缓存计算时间:", (endTime1-startTime1)/1e6, "ms")
    fmt.Println("不使用缓存计算时间:", (endTime2-startTime2)/1e6, "ms")
}

map[A:20 C:12 G:17 T:21]
[20 12 17 21]
使用缓存计算时间: 921 ms
不使用缓存计算时间: 969 ms