Nginx配置A项目的root目录是a，a目录软链到a1。
后来发布新代码后，会生成和a1同级的a2，a目录也指到了a2，但是在访问A项目的时候，运行的还是a1的代码运行结果，理论上此时应该执行的是a2代码才对。
甚至把a1目录删了，报错内容都还是a1目录里的某部分代码不对。
怀疑是Nginx，或者是php-fpm将代码文件缓存起来了？
OPCache，还是Nginx，php-fpm哪里配置的问题吗？
求大神解答。
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看你的描述，我估计问题出在
opcache上。这里nginx应该是把目录
a作为路径传递到了php-fpm中（通常的配置是这样的），而
opcache也是以路径作为缓存代码的Key，所以说虽然软连接指向的目录改变了，但是
opcache识别到的目录是一样的，所以使用了直接缓存的文件。建议在开发环境中，不要开启代码缓存，因为目前
opcache还不能每次都检查文件是否更新，只能通过函数或者配置更新时间来更新。php.ini里配置:
opcache会每次都验证PHP文件的修改时间戳,如果PHP文件被修改过,opcache会重新缓存新的PHP文件opcode到内存.