return state.arr.filter(item => item.id !== id);

你对任何一个数组进行类似这样的map操作, 都会这样, 留下一个有空洞的数组。。。
正确的做法是

let newState = state.slice()
newState.splice(2, 1)
return newState

每一次对redux的state进行操作， 都尽量返回新的对象， 比如

return Object.assign({}, oldState, newState)
return [...oldState, ...newState] // or [...oldState].concat(newState)

这个样子...

另外就是, 你那个map的空位没有指定返回值， 那么返回的就是默认的undefined, 为什么变成了null...