没必要。
但是你可以将两个字段都建立索引以加快查询速度。

每一个表都应该设置一个主键，并且最好是自增的主键

就数据库设计的范式化来说，我觉得如果这2个id能组成主键的化就没有必要再加个id了。

user和role多对多关联的话：

CREATE TABLE user_role (
    user_id INTEGER NOT NULL,
    role_id INTEGER NOT NULL,
    PRIMARY KEY (user_id, role_id),
    KEY (role_id)
);

这样，既可以查到某个用户的所有权限，又可以查到拥有某个权限(例如超级管理员)的所有用户。