我去看了一下那本书，首先你的代码有一个地方错了。
morepeople = [person] 这样才对。
在这里查找的时候，所比较的是对象。
在 people 这个数组中的这个 {name:"Nicholas"} 和 person 并不是同一个对象，而 morepeole 中和 person 是同一个对象（因为直接引用了它）。
因此第一个会返回 -1（无法找到），第二个是 0。
你可以直接进行测试，person == people[0] 或者 person === people[0] 都是不成立的（false）。

indexOf 的比较就是单纯的 ===。
我把你的问题简化一下，可以看下面的例子：

var x = {a:1};
var y = {a:1};
console.log(x === y); //输出false

因为x,y并不是同一个对象，只是恰好有一个同名属性，且值相同。（但两个对象在内存中不是同一个对象）
只要知道一个对象只等于它自己就好了。

var a = {name:"Nicholas"};
var b = {name:"Nicholas"};
console.log(a == b)        // false

{name:"Nicholas"}和{name:"Nicholas"}
出现了两次，那么就是两个对象，它们不相等。