用户发过来的就这些东西，除了解析二进制文件你没别的办法了，即便是解析二进制文件其实也有可能受骗，可以拿来越狱iPhone的PDF都曾经存在过。

很多事你没法做到绝对，一句话，尽人事安天命吧。

如果是图片可以通过 getimagesize() 获取图片的 mime，这样便不依赖
普通文件可以通过：
1. finfo 扩展
2. mime_content_type()
3. 调用linux命令 exec("file -bi ".escapeshellarg($this->file_src_pathname))来检测
选择合适的一种检测文档类型已经够用了。
图片上传的安全性主要在下载展示的时候，如果它是一段脚本<script>alert(1)</script>伪造成image/jpg，浏览器会将其解释为html而不是图片，从而执行非法脚本。以上检测手段可以避免这种情况

最简易又相对比较安全的方法是验证文件的signature信息了。

PHP参考：http://www.codecto.com/article/4.html