推荐混合APP,会写web app(html5+css3+js, jQuery, jQueryMobile, Bootstrap等等)加上phonegap就可以玩玩了。

1. 会PHP，你看看Slim框架，学会怎么写restful api，（了解一些这方面的知识） 为你的app写服务端支持。

2. 看你想写什么平台的咯，安卓的话看看安卓的开发，ios的话看看ios的开发就行了。

目前自己会的是php,js,mysql,Linux,如果我要去做一款APP。还需要哪些知识,怎么入手呢？或者有没有什么资料给我学习呢？

题主你问题描述的有点儿笼统，没说明白你想开发哪种应用。
若想开发 Android 应用，那么请搜索一下网上的视频资源，可以跟着做些小东西。