没看明白题目的意思。三个setTimeout是同时执行的，然后根据各自的延时时间来执行function语句，因为

setTimeout("i=i+1;alert('A1')",1000);
setTimeout("alert('A2')",1000);

延时时间相同，所以两个语句同时执行（不过alert会阻断当前js执行所以弹窗还是分了先后。
如果你是想要第一句执行完成后延时1000ms再执行第二句，那需要在第一个setTimeout的函数体内调用第二个setTimeout语句。例如：

function setTimeout2(){
    setTimeout("alert('A2')",1000);
}
setTimeout("i=i+1;alert('A1');setTimeout2()",1000);

先分析最后一行：

setTimeout(alert('A3'),1000);

这样写alert('A3')会立即执行，没有起到定时器的作用，除非把它放在匿名函数，或者向前面一样包裹成字符串（不推荐）。

前面两行代码起到了定时器的作用，js 会在一秒后把这两个回调函数加入到执行队列中，然后执行它们，理解这句话是关键所在。所以， 并不是说，过了一秒alert('A1')，然后静静的等一秒，再alert('A2')，而是，等一秒之后，它们会按照顺序同时执行。

setTimeout()第一个参数应该是function才对，你这什么都往里面加，太奇怪了，

var a=setTimeout(function(){alert('A3')},5000);

第一个参数是函数或者函数引用。