第二种我觉得更好，但是为了保证速度，你要为你的数据库里面的tid字段添加全文索引。
加入你的表明叫article，分类字段叫tid。那么你就要为你的字段添加索引。

ALTER TABLE article ADD FULLTEXT (tid); 

如果你要查询的tid是1,4,9,25 当你要查询的时候，就这么做：

SELECT * FROM article WHERE MATCH(tid) AGAINST('1 4 9 25');

极目楚天舒的全文检索能利用索引,确实也是个别出心裁的方法.
另外楼主也可以试试用MySQL的函数FIND_IN_SET:
比如 SELECT FIND_IN_SET('b','a,b,c,d') 将返回2.

比如查询指定标签'php'下的文章:
用FIND_IN_SET可以这样:

SELECT * FROM `posts` WHERE FIND_IN_SET('php', `tags`);

用MATCH AGAINST可以这样:

SELECT * FROM `posts` WHERE MATCH(`tags`) AGAINST('php');