我猜测是不是有些元素设置了 box-sizing属性为border-box，关于这个样式，自行百度，手机打字不方便啊。关于第二个问题，在jsbin上重现一下，方便大家帮你解决。

测试环境是什么？
bootstrap 的box-sizing属性为border-box，所以总的size是不变的
第二个问题建议贴代码

看bootstroop的css文件第一行 *{ box-sizing:border-box}
它改变了盒模型。
想知道为什么。查下 box-sizing:border-box 自然明白原因。

在隔开元素的时候不应该是用margin吗
padding也不存在外边距融合行为
还请重现一下

建议重新添加一个新的class在firebug里面查看一下，提高一下优先级来解决问题。

第二问题是css的margin的垂直塌陷，标准就是这样的。就是margin-top和margin-bottom去数字大的那个。