md5函数都支持分段计算，只要你分割的文件不添加额外的文件内容，计算出来的就和未分割之前的是一致的。

#include<stdio.h>
#include<openssl/md5.h>
#include<string.h>

int main( int argc, char **argv )
{
MD5_CTX ctx;
unsigned char *data="123";
unsigned char md[16];
char buf[33]={'\0'};
char tmp[3]={'\0'};
int i;

MD5_Init(&ctx);
MD5_Update(&ctx,data,strlen(data));//多次调用这个函数就可以了，你可以每次update 1kB的数据
MD5_Final(md,&ctx);//所有的文件都处理完了，调用这个函数就行了

for( i=0; i<16; i++ ){
sprintf(tmp,"%02X",md[i]);
strcat(buf,tmp);
}
printf("%s\n",buf);
return 0;
}

多次使用update接口

谁说Java MD5一个文件流要把文件都加载到内存中的啊？用一个buffer，大概8KB就可以，一边读，一遍update就可以了，内存消耗是O(1)的。

另外，这不是加密。