按照我的理解，这里应该有两方面的考虑。
第一方面，
call可以指定call方法调用的this对象，
比如在indexOf方法中指定数组对象

indexOf.call(arr, elem, i);

第二层方面，
因为jQuery对象是一个伪数组对象，具有数组的特点，但不是数组，它不一定有indexOf这样的方法，
而通过借用的方式，使得jQuery对象也能使用indexOf方法。

这里的indexOf应该是jquery自定义的一个函数吧，用call无非就是改变this的指向

call 的作用： 动态改变this
有些 likeArray 的数据， 如：document.querySelectorAll() 返回的不是Array, 而是
nodeLis -> Object ....
不能直接调用 Array.prototype.indexOf 方法, 所以用 .call() 调用~~

indexOf是jQuery保存的原生方法，即:

jQuery 2.0.3中叫core_indexOf：

core_deletedIds = [],
// 省略。
core_indexOf = core_deletedIds.indexOf,

在inArray中，如果使用arr.indexOf话，在这种情况下：

var a = [];
a.indexOf = function() {return 1;} // 即用户自定义了一个indexOf
$.inArray(1, a, 0); // 就不能得到你想要的结果了

总结来说，就是防止用户的同名方法改变jQuery的函数作用，使用call来限定。

补充：也有其他回答中所说的，用来是类数组使用相应的数组方法的原因。

好处是增加了这个函数的适用范围。

如果不用call的话，arr参数必须是数组；但是用call的话，arr参数只要是一个类数组的对象(具有数字属性以及length属性)即可。