在不想改变现有架构的情况下，感觉还是用PHP去实现比较好，或者放到客户端用javascript去实现

看你的意思，应该是指node.js不需要象php一样错助apache就能提供web服务，这是对的，node.js内置了http服务，很容易搭建一个网站。
我猜你的需求应该是这样的，建立一个网站，已经有markdown文件，要转化成html形式展现给用户。
你可以这样做：用express建立一个网站，然后用markdown（https://github.com/evilstreak/markdown-js）插件进行转化，并提供服务。

不太明确你的意思，说一下我的看法:

• 如果你是想将md输出html页面。

方法很多，php和nodejs都能搞，nodejs有很多开源的库都是干这个事情的，根本不需要php那边的任何配合。

• 如果你是想通过nodejs将md输出html页面，然后用apache那边进行展示。

不说方案是否合理，感觉关键的地方在于php和nodejs这边的交互通讯的问题。可以使用nodejs建立一个服务器，作用就是将md转成html，提供这样的一个http接口，然后通过php进行后台调用返回前台，或者前台调用也可以，不过可能存在跨域问题。