用法不同而已，filter 可以像写 sql 的 where 条件那样写 > < 等条件，但引用列名时，需要通过 类名.属性名 的方式。 filter_by 可以使用 python 的正常参数传递方法传递条件，指定列名时，不需要额外指定类名。，参数名对应名类中的属性名，但似乎不能使用 > < 等条件。

各有所长吧。

http://docs.sqlalchemy.org/en/rel_0_7...

filter:

apply the given filtering criterion to a copy of this Query, using SQL expressions.
e.g.:
session.query(MyClass).filter(MyClass.name == 'some name')

filter_by:

apply the given filtering criterion to a copy of this Query, using keyword expressions.
e.g.:
session.query(MyClass).filter_by(name = 'some name')

感觉楼上的不是很对
filter指定列名的时候，可以不使用类名；filter_by也不是说任何时候都可以不指定类名
我平时使用的时候，两者区别主要就是当使用filter的时候条件之间是使用“=="，fitler_by使用的是"="。
user1 = session.query(User).filter_by(id=1).first()
user1 = session.query(User).filter(id==1).first()