使用 pip / easy_install 是为了能够良好的管理起来你的包，这类似deb之流。

之所以需要用 VirtualEnv，关键的目的是把你当前开发/生产的 Python 环境和其他的 Python 环境隔离开来。例如你的 Proj1 需要用到 LibA 的版本1.0，而你的 Proj2 需要用到LibA的2.0，如果不加以区分，那么就会可能造成冲突。
在 VirtualEnv 中，每一个 VirtualEnv 的环境，都是隔离的，需要的包等都是单独的，你可以认为这是一个沙盒（SandBox），这时候 pip / easy_install 等运行时候依赖的 Python 也是隔离的，既 $VENV_HOME/bin/python 而非 /usr/bin/python。

一般的，yum / apt 安装的会安装在系统的路径中，针对 Python， 则是 Global 的 PYTHONPATH。很难做到隔离。
而从源代码安装的，一般的会根据你的运行时 Python 命令进行隔离。也就是如果你启用了 VirtualEnv (source $VENV_HOME/bin/activate）后，从源码安装的也会在这个 venv 下。

@尹伟铭说的很详细，我这里再补充一点好了

pip的管理要比easy_install方便很多，所以我基本选择pip去安装

而且如果有requirement的话，直接pip install -r requirements.txt就可以安装所有的了