两个网站服务器共存的方法（不限操作系统，不限服务器产品），常见的就是一个做另一个的反向代理。IIS和Apache可以这么配，同样也适合Apache和Jexus。

Apache/mod_mono虽然比较常见，但是未必在性能上好于Jexus。如果你自己不能熟悉Apache和mod_mono的源代码，那么采用Jexus并向它的作者获取技术支持也是个选择。

使用基于Mono的产品（开源或者非开源）真正的难点在于技术问题出现时谁来提供技术支持（法律风险鉴于微软的开放性已经没什么太大问题）。如果你自己技术能力一般但是钱多，当然是使用正版IIS最牢靠了，可以找微软技术支持。