大型的网站都用什么发行版。据我所知，豆瓣起初用的是Gentoo,不知道现在用什么。
另外是不是freebsd相较linux在稳定性和网络吞吐量性能要好点，最近火爆的whatsapp，用的是freebsd，他们用很少的服务器支撑4.5亿的用户。
还有用freebsd做开发怎么样？
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其实呢，我觉得不要一味看别人大型网站用什么系统自己就要用什么系统，别人用什么系统肯定有一个理由，这个理由不一定适合你，用自己习惯的就好，或者团队用什么就用什么
不管linux还是freebsd 优化好了都能做到很惊人的表现
看对哪个更熟悉（碰到啥问题都能解决）
我们主要用freebsd，少量centos
CentOS 6.2 6.3 6.4
Ubuntu Server，不因为别的，只因为大家熟悉Ubuntu Server的各项配置和调优。
首先 BSD 不是 Linux...
然后我来谈谈服务器的操作系统。
Windows 我不是很了解，反正在我的印象中用了 Windows 基本就是上了微软的贼船，陆陆续续还要用微软的其他服务，否则根本体现不了 Windows 的优势。
然后类 Unix 系统里，毫无疑问 Linux 是使用最广泛的，资料和社区也更丰富一点。Linux 不同发行版的主要区别在于包管理器和软件仓库。根据项目的需求来选择不同的发行版。
比如包管理器使用最广的是 Debian 的 apt 和 Red Hat 的 yum, 这两个谁更优秀这个不太好说。另外还有一些比较小众的包管理器，有些可能确实要比 apt 和 yum 更好，但是用户太少。
软件仓库方面 Red Hat 是商业公司，软件包的质量通常会更好一点，CentOS 的软件包来自 Red Hat, 也算是有保证。Debian 算是最传统的 Linux 发行版，比较稳重，对非自由软件的态度不是很好。Ubuntu 基于 Debian, 相比之下更激进一点，软件包的版本会比较新，个人感觉非 LTS 版本中问题会比较多，现在 Ubuntu 的桌面和服务器用户也都比较多。
一个系统能支撑多大的量，我觉得跟操作系统没太大关系，使用 windows 的人照样能撑起很大的量。
我们七牛使用的所有都是 Ubuntu 的最新版，已有的旧版本也在升级中。目前每天支持几亿的上传和下载请求。旧版本意味着“稳定”的同时，也意味它暗含很多最新发现的 bug。
我个人觉得是
CentOS或者Debian比较合适的，在操作习惯上面来说，无论是yum还是apt也都很方便的。如果你是自己折腾的话, 推荐
Gentoo因为有 Redhat 的生态环境，用 CentOS 的也比较多，最近 Ubuntu 也比较流行了。
我的用户里边CentOS是主流~~~
如果你是个新手，请使用centos系~~ 如果你是geek，请折腾gentoo LSF；不过使用debian ubuntu还是蛮好的~ @……@ 个人感觉~~ 但是与你所说的吞吐量~~~~这些东东无关 全在于你如何去优化你的系统