建议你可以去这里：http://blog.segmentfault.com/aijiami/1190000000614803了解一下。
在此向你介绍一款：自动化App安全检测平台（http://safe.ijiami.cn），一键上传，方便快捷，可以帮助开发者找出自己APP所存在的漏洞和薄弱环节，帮助可以帮助自己进行APP加壳加密保护。
其中，文件检查主要是检查dex、res文件是否存在源代码、资源文件被窃取、替换等安全风险；漏洞扫描通过对签名文件、XML、dex文件进行扫描。

http://jmediasoft.bgp2.kaiyele.net/apkide-teach/
这里有软件和傻瓜教程，只借鉴UI的话完全可以满足你的需求
PS:只限于学习借鉴，不要用来做坏事o..

我记得是dex2jar 反编译apk文件中的classes.dex
具体可以看这里http://blog.csdn.net/ithomer/article/details/6727581

Android编译、反编译工具总结
1.baksmali：解析odex或dex文件并生成smali文件。需要/system/framework中的文件放在同一目录。
command:java -jar baksmali.jar -x file.odex
下载地址：http://code.google.com/p/smali/downloads/list
2.smali：通过smali文件生成classes.dex文件。
command:java -Xmx512M -jar smali.jar out -o classes.dex
3.keytool:jdk中生成签名用的证书
command:keytool -genkey -v -alias CERT -keyalg RSA -keysize 2048 -validity 10000 -keystore CERT.keystore
4.jarsigner：jdk中对apk文件签名。
command:jarsigner -verbose -keystore CERT.keystore to_sign.apk CERT
5.dex2jar：将classes.dex反编译成jar文件
下载地址：http://code.google.com/p/dex2jar/downloads/list
6.JD-GUI:查看jar文件，并能把class文件反编译成java文件进行查看。
7.apktool：可以反编译apk的资源文件和把classes.dex解析成smali文件，还能逆向地生成apk文件。
下载地址：http://code.google.com/p/android-apktool/downloads/list
8.AXMLPrinter：把二进制的xml文件转换成可读文件。
下载地址：http://code.google.com/p/android4me/downloads/list
9.zipalign:工具由android sdk提供，在$ANDROID_HOME/tools/zipalign。该工具可用于优化已经签名的APK文件。
command:zipalign -v 4 unaligned.apk aligned.apk