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<meta name="apple-itunes-app" content="app-id=">

先声明一下这是12~13年的解决方案。

首先要在app里面注册相关的URI，及对应的路由处理，比如"helloworld://xxx/yyy/"

自动跳转式

if (/(iphone|itouch)/.test(navigator.userAgent.toLowerCase())) {
    window.location.href = "helloworld://xxx/yyy/";
    setTimeout( 
        function(){ 
            window.location.href = "";
            //你的APP store的地址
        }, 30);
    }
}

a标签式

<a href="helloworld://xxx/yyy/" onclick='setTimeout(function(){window.location.href = ""},30)'>你来点我呀来呀</a>
<!-- href=""里面填入APP store的地址 -->

解决方案比较hacky。hack的一点就在于，没有办法判断，只有让所有用户先后跳转到对应的分支里去。在safari里面，如果<a>的href属性是自定义的URI，且URI无人认领，并不跳转到相应页面，200毫秒以后setTimeout起作用；如果URI有APP认领，则跳到APP。
对于用户来说，虽然一部分体验很不好（弹窗提示错误），但起码所有用户都会到正确的页面去……

再次声明，这是12~13年的解决方案，如果今年年初冒出来更加美好优雅的解决方案就不可知了。