PhoneGap就是Cordova，被Adobe收购之后更改的名字。
看了下目前已经到6.*版本了。
你下载的0.3.*应该是PhoneGap Desktop app。

建议使用npm安装

npm install -g cordova

具体操作步骤，参考：
https://cordova.apache.org/#getstarted

至于你提到的想要xcode编辑相关的iOS的原生的代码，可以在

cordova platform add ios

操作之后，在platforms/ios/中有iOS相关的工程目录结构，我不确定你想要的是否是这个。

cordova就是提供一个壳而已，不需要编辑native相关的代码，只需要编辑www中的html相关的页面即可。

phonegap