输出的并非地址，而是一个Matrix类的对象，要想输出定制的结果，可以重载__str__方法。
另外，题主的代码比较奇怪：__init__构造函数会拦截创建实例的操作，其中self是引用的类实例，所以当把一个值赋值给self的时候，实例就不被引用了。

应该这样写：

>>> class Matrix:
...     def __init__(self,s):
...             self.data = s.replace(' ', '')
...     def __str__(self):
...             return self.data
... 
>>> x = Matrix("[1,2,3; 4,5,6; 7,8,9]")
>>> print(x)
[1,2,3;4,5,6;7,8,9]

>>> class Matrix:
...     def __init__(self,s):
...             self.str = s.replace(' ', '')
... 
>>> x = Matrix("[1,2,3; 4,5,6; 7,8,9]")
>>> print(x.str)
[1,2,3;4,5,6;7,8,9]