bin 目录本身并没有什么特殊的含义, 不过由于一些约定俗成的原因, 我们一般都将可执行文件放到 bin 目录中.
例如 /usr/bin, /usr/local/bin, /sbin.
再者, 除了 bin 目录用于存放可执行文件外, 我们还使用 lib 用于存放库文件, include 用于存放头文件, 这些也仅仅是一些约定而已, 为了方便管理, 也并不是说必须要这么做.
实际上你愿意, 你可以把你的可执行文件放到任何一个地方.

还有, 对于电脑来说文件只是一系列的二进制流, 但是对于人来说却不是这样. 例如文本格式的文件, 虽然对于电脑来说仍然是一个二进制流, 但是对于人类来说却可以通过一定手段呈现出人类直接可读的内如, 因此从这个角度上来说, 各种文件格式之间就有了 文本文件 和 二进制文件 的区分了.

反对楼上 > 永顺> 的答案。
bin是binary的缩写，binary是二进制的意思，并不是他说的没有特殊含义。
这是站在用户的角度考虑的，不是现站在cpu的角度看。

bin是binary的缩写。java约定俗成的东西。这个不用纠结。