没有用过 mongojs, 不过看上去和 mongodb 应该是差不多的，即 MongoDB API 的简单封装。

我的建议是，如果是一个应用，即一个面向用户的项目，例如一个网站，那么使用 mongoose, mongoose 算是目前 Node.js 中最好的 MongoDB ORM 了。通过预先定义 Schema, mongoose 可以帮你完成一部分数据验证和流程控制的工作，加快开发速度。

如果是一个有可能被其他项目引用的库，我建议直接用 MongoDB 的原生 API, 因为这种情况下，集合中的文档往往没有特定的模式，利用不上 mongoose 的功能。同时通常库中的重复逻辑要比应用里少，用简单的 API 会有更高的灵活性。

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