因为你用了-2呀，然后合并来的上游修改比你的新，所以你自己的修改排在前2之外了。不要用-2，查看完整历史，找到你想恢复的版本，checkout出来再commit就可以。

安装 git extras，然后执行git revert，它会帮你处理所有的事情

试试 git log --pretty=oneline modules.rst

看到这个界面，我还是要再推荐下 tig

我 clone 了你的库，然后我分别 checkout 到你之前的 commit 上然后创建新的分支，再进行 diff 操作，以下是结果：

从 fix typo and translation 到 Merge...无 modules.rst 的修改记录

从 add... 到 fix typo and translation 仍然无 modules.rst 的修改记录

从 fix typo 到 add... 终于出现了 modules.rst 的修改记录

所以很明显 git 的 log 记录没有错，你最近的几次 commit 并没有修改 modules.rst 文件，它又怎么会出现在 log 中呢？

最近的四次 commit 记录：

根据 git diff 的结果，可以确定从 fix typo 到 add... 的这次提交中是对 modules.rst 最近的操作，所以查看 modules.rst 的 log 肯定只显示到 add... 这次 commit了。

输入 git log --merges 命令，显示用于 merge 的 commit：

发现了吗？与之前的 merge 相比，你这次 merge 是存在 conflict 的，而且这个 conflict 和你的问题文件 modules.rst 还有关，所以我分析这应该就是问题所在，应该是你的文件产生了冲突，但是你没有解决冲突，而又 merge 成功，这些冲突不知道什么原因被忽略，所以它们不会作为 commit 的一部分进入 log 的历史记录中。好了，该去休息了，希望答案对题主有帮助。:)