基于我们《生信技能树》团队七八年的经验积累,这里为大家整理了部分推荐资源,仅是我们资源库的十分之一。
首先,在生物信息学数据分析中,计算机基础知识的掌握至关重要。我将其分为基于R语言的统计和可视化,以及基于Linux的NGS数据处理两大类:
《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》和《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》这两篇文章是入门的关键。
在R语言学习中,掌握以下知识点是必不可少的:
了解常量和变量的概念,基本的加减乘除运算(计算器功能),多种数据类型(数值、字符、逻辑、因子),多种数据结构(向量、矩阵、数组、数据框、列表),文件的读取和写入,简单统计和可视化,以及无限量的函数学习。
在Linux学习中,分为六个阶段,每个阶段通常需要一天以上的学习时间:
第一阶段:使Linux系统操作如Windows或MacOS般流畅,主要目的是熟悉命令行界面,能够通过键盘交互完成常规的文件夹和文件管理工作。
第二阶段:实现文本文件的表格化处理,类似于通过键盘交互完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余、查找、切割、替换、合并和补齐,熟练掌握awk、sed、grep这三种文本处理工具。
第三阶段:掌握元字符、通配符及shell中的各种扩展,使Linux操作不再神秘。
第四阶段:高级目录管理,包括软硬链接、绝对路径和相对路径、环境变量的使用。
第五阶段:任务提交及批处理,通过脚本编写解放双手。
第六阶段:软件安装及conda管理,使Linux系统的实用性得到最大发挥。
接下来是NGS基础。在多组学时代,我们团队多年前就已在b站免费分享了各个技术流程的视频教程,并同步提供了视频配套讲义和教辅材料:
学徒第一月,基础知识介绍掌握:文档链接:https://www.php.cn/link/b2dc43f5ceef31610d294fa01c6e7399 密码:vl3q
学徒第二月,RNA-seq数据分析实战训练:文档链接:https://www.php.cn/link/1ea5e6f2837d15cbe7a9989bb9ff07af 密码:p6fo
学徒第三月,WES数据分析实战训练:文档链接:https://www.php.cn/link/5d50d910720dc8d840855109c28ad865 密码:7uch
学徒第四月,ChIP-seq数据分析实战训练:文档链接:https://www.php.cn/link/d1744bbff50dd9d5ee97ae053076295b 密码:wk29
我们为每个组学视频课程设置了练习题,不知道大家是否有参与学习?我们甚至形成了专门的学徒作业系列:
学徒考核-计算wes数据的全部外显子的平均测序深度
肿瘤外显子视频课程小作业
ChIPseq视频课程小作业
通常,学徒在我们这里学习一个月以上,我们会引导他们学习多种组学(围绕中心法则)。有了Linux基础和R语言能力后,按照我们的视频教程学习基础流程将变得轻松自如。
为学徒提供ChIP-seq数据处理流程(附赠长达5小时的视频指导)
九月学徒ChIP-seq学习成果展(6万字总结)(上篇)
九月学徒ChIP-seq学习成果展(6万字总结)(下篇)
当然,这些技能只是让你入门,后续的工作会更加精彩,你将体会到数据分析的乐趣。然而,如果你没有掌握我上面列出的基础知识,或者基础不牢固,你的数据分析之路往往会充满bug,甚至导致头发掉光。
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