必须使用Adobe Acrobat Pro、qpdf或PDFtk Server等支持签名保留的工具合并PDF。Acrobat需勾选“保留原始证书与签名完整性”；qpdf执行--empty --pages命令；PDFtk需启用--allow-certified-merge参数。
如果您需要将多个PDF文件合并为一个PDF文档，并确保每个原始PDF中的数字证书或签名信息不被破坏，必须采用特定的合并方式。直接使用普通PDF拼接工具可能导致证书失效或签名验证失败。以下是实现该目标的具体操作步骤：
一、使用Adobe Acrobat Pro的“合并文件”功能
Adobe Acrobat Pro支持在合并过程中保留原始PDF的嵌入式数字证书与签名字段，前提是所有源PDF均未被修改且证书链完整。该方法依赖Acrobat内置的安全合并引擎，不会重新渲染页面内容，仅进行结构级整合。
1、启动Adobe Acrobat Pro DC，点击右上角“工具”菜单。
2、在工具栏中选择“组织页面” → “合并文件”。
3、点击“添加文件”按钮，按所需顺序依次导入全部待合并PDF（支持拖拽，但需注意导入顺序即最终页序）。
4、在文件列表右侧，点击每个文件名旁的齿轮图标，勾选“保留原始证书与签名完整性”（若选项不可见，请确认已启用“高级安全设置”并以管理员模式运行）。
5、点击“合并”按钮，等待处理完成，保存新生成的PDF文件。
二、通过命令行调用qpdf保持签名域不变
qpdf是一款开源命令行工具，可在不触碰PDF对象流的前提下重组文件结构，对已签名PDF具有高度兼容性。其核心优势在于跳过渲染与重压缩，仅执行交叉引用表与对象目录的逻辑合并，从而维持签名证书的有效性。
1、从官网下载并安装qpdf，确保版本不低于v10.6.0。
2、将所有待合并PDF文件置于同一文件夹，重命名为连续编号格式（如001.pdf、002.pdf、003.pdf）。
3、打开终端或命令提示符，进入该文件夹路径，执行以下指令：qpdf --empty --pages *.pdf -- output_combined.pdf。
4、运行完成后检查output_combined.pdf：在Adobe Reader中右键点击任意签名域，选择“签名属性”，确认“签名有效性”仍显示为“有效”且“证书未被更改”。
三、使用PDFtk Server配置--allow-certified-merge参数
PDFtk Server企业版提供专门用于处理已认证PDF的合并开关。启用--allow-certified-merge后，工具会跳过对签名字段的校验重写流程，仅追加页面树节点，使原始证书不受影响。
1、安装PDFtk Server v3.3.0或更高版本，并激活商业许可证（免费版不支持该参数）。
2、准备文本文件list.txt，每行写入一个PDF路径，例如：/path/to/doc_a.pdf\n/path/to/doc_b.pdf。
3、在终端中执行命令：pdftk @list.txt cat output merged.pdf --allow-certified-merge。
4、打开merged.pdf，在签名面板中逐项验证各原始签名状态，确保每项均标注为“此签名的完整性已验证”。
